V botanické zahradě v Troji se věnují ochraně ohrožených rostlin z České republiky i z celého světa. Pěstují zde 10 rostlinných druhů, které už v přírodě nenajdeme.
Odborníci z Botanické zahrady hl. m. Prahy ve spolupráci s odborem ochrany přírody Magistrátu hl. m. Prahy a dalšími institucemi pečují o záchranu genofondu rostlin, které jsou kriticky ohrožené. Přímo v botanické zahradě už vypěstovali záložní populace 189 kriticky ohrožených druhů rostlin České republiky. Některé z nich pak vracejí zpět do přírody.
Už v roce 2022 došlo k vysazení velmi vzácného koniklece otevřeného v přírodní lokalitě v Praze. Na původní stanoviště se vrátil i rozrazil dlouholistý a trojští botanici podporují rovněž záchranný program výsevu kriticky ohroženého zvonovce liliolistého v okolí Karlštejna. Ve sbírkách Botanické zahrady Praha je od začátku roku 2024 také 10 druhů rostlin, které jsou již v přírodě vyhynulé.
„Jednou z důležitých úloh botanických zahrad je činnost v oblasti ochrany genofondu rostlin. Zahrnuje aktivity přímo směřující ke zlepšení situace ohrožených druhů rostlin, ale i vzdělávání návštěvníků v tomto směru. Při příležitosti Dne Země, který připadá na 22. dubna, je dobré si připomenout, že bychom se ochraně přírodního bohatsví měli věnovat opravdu intenzivně. V rámci botanické zharady se návštěvníci mohou seznámit s vzácnými a ohroženými druhy české květeny, ale i s různými exotickými rostlinami, z nichž některé již dokonce v přírodě vyhynuly. Dokončujeme úpravy nové expozice Archa Bohemica, která návštěvníky upozorní na druhy rostlin představující dříve běžnou součást přírody a nyní zapsané v červených seznamech ohrožené flóry. Nová expozice se nachází na jižní trojské stráni, která je sama o sobě velmi cennou botanickou a entomologickou lokalitou, “ říká Bohumil Černý, ředitel Botanické zahrady hl. m. Prahy.
Botanická zahrada hl. m. Prahy má vlastní laboratoř, která se zabývá množením vzácných rostlin, především orchidejí a kapradin. Rostliny se vypěstují ze semen na sterilních živných médiích metodou in vitro (uvnitř sterilní skleněné nádoby). Takto se zde věnují 160 druhům orchidejí a více než 120 druhům kapradin, z nichž je 24 druhů zapsáno v celosvětovém červeném seznamu jako ohrožené.
V rámci záchrany rodu Paphiopedilum (střevíčníkovec), který je zahrnutý v příloze 1 mezinárodní úmluvy CITES, probíhá spolupráce i s dalšími botanickými zahradami v Evropě. Naplňuje se tak celosvětový program záchrany genofondu ohrožených druhů rostlin.